Łysakowo istniało na pewno już na początku XV wieku. Historycy uważają iż miejscowa parafia mogła powstać  na przełomie XIV i XV wieku. Z roku 1429 pochodzi pierwsza pisana wzmianka o miejscowości Lyssakowo, natomiast pierwsze dokumenty świadczące o istnieniu parafii pochodzą z 1467 roku.

            Z Łysakowa pochodził znany w dawnej Rzeczpospolitej ród Łysakowskich herbu Lubicz. Pierwszym znanym przedstawicielem tego rodu był Jakub Łysakowski. Był to sławny szlachcic w ziemi ciechanowskiej cieszący się łaską książęcą. W 1452 roku został mianowany starostą ciechanowskim. W latach 1458-1472 pełnił funkcję podsędka ciechanowskiego. Następnie został przeniesiony do ziemi łomżyńskiej, gdzie dzierżył bardzo ważny urząd podkomorzego łomżyńskiego. W 1482 roku uzyskał od władcy prawo chełmińskie dla swojej rodowej wsie Łysakowo. W 1486 roku zapewne już u kresu życia podzielił swoje dobra między synów: Mikołaja i Pawła, trzeci z braci, Jakub przeznaczony był do stanu duchownego.  

Od 1482 dziedzicami Łysakowa byli Mikołaj i Paweł, ich brat Jakub studiował w Krakowie, został księdzem i objął nawet stanowisko kanonika w Pułtusku, lecz potem porzucił stan duchowny i przeniósł się do Prus. Na przełomie XV i XVI wieku rządzili tu Mikołaj i Paweł, a następnie ich potomkowie. Trzeba przyznać, że był to wyróżniający się ród. Łysakowscy często posyłali swoje dzieci na nauki do Krakowa, Niemiec i Włoch. Niektórzy jeździli nawet do Portugalii. Skupowali wiele wsi na Mazowszu i na Rusi Czerwonej, dzierżyli wiele ważnych urzędów ziemskich i państwowych. Mimo tego  mieli cały czas związek ze swoją rodzinną okolicą. Ziemia w Łysakowie podzielona była między poszczególnych Łysakowskich.

Spis podatkowy z 1567 roku informuje, że dziedziczyli tu: Mikołaj Łysakowski „z bracią swą”, Piotr z Łysakowa Łysakowski-Gostkowski oraz Stanisław Łysakowski. Wymieniony wyżej Mikołaj Łysakowski syn Jana miał w tym czasie tytuł kasztelana lubaczowskiego. Jego biografie przedstawia Polski Słownik Biograficzny. Mieszkał w ziemi bełskiej, zaczynał jako poborca i dzierżawca ceł na Rusi, miał urzędy i godności podsędka bełskiego i stolnika czerskiego. Szlachta wybierała go na posła na sejmy. Należał do wybijających się polityków ówczesnej Polski. Uczestniczył w pracach nad Unią Lubelską. Posiadał liczne dobra ziemskie, również na Litwie. Zmarł w 1585 roku.

Do ówczesnych dziedziców Łysakowa należał też Piotr Łysakowski częściej podpisując się jako Gostkowski, był to sędzia ziemski nurski, dożył niezwykłego wieku 90 lat. Synowie wspomnianego wyżej Mikołaja Łysakowskiego również należeli do wybitnych postaci. Jeden z nich Jakub był dworzaninem królewskim, żołnierzem w czasie wojen Stefana Batorego, posiadał wiele urzędów w ziemi chełmskiej.

W XVII wieku Łysakowscy wyprzedali swoje rodowe włości, a właścicielami części Łysakowa zostali bogatsi przedstawiciele rodu Humięckich. Ich notuje się tu w tym czasie. Następnie, gdy można gałąź Humięckich zupełnie zerwała kontakty z tymi okolicami, Łysakowo przeszło na własność Karskich herbu Jastrzębiec oraz Kozickich.

Wizytacja kościelna z 1775 roku informuje: Wieś Łysakowo w województwie mazowieckim, w ziemi ciechanowskiej, w powiecie przasnyskim leżąca. W niej jest kościół drewniany stary, spróchniały, w kwadrat stawiany z mniejszym i większym chórem dwa razy stawiany i już nie raz reperowany. Na lewej stronie wchodząc do kościoła jest zakrystia i skarbczyk. Wierzch bez szczytów okrągły, na dłuż ma w sobie sążni dwanaście a na szerz cztery. (....) Kościół ten łysakowski jest parafialny, do inszego nie jest przyłączony. Ma wiosków do siebie należących w parafii, których liczy siedemnaście: Łysakowo, Przywilcz, Stryjewko, Stryjewo, Leśniewo Dolne, Leśniewo Górne, Humięcino, Andrychy, Humięcino Stara Wieś, Humięcino Koski, Rychty, Sepiełaki, Marchwały, Humięcino Retki, Zakrzewo Mniejsze, Zakrzewo Większe, Mirzanowo, Janowo.

Cała parafia liczyła około 600 wiernych. Kolatorami kościoła byli: Mikołaj Karski komornik ziemski ciechanowski, Józef Kozicki komornik ziemskie ciechanowski, Tomasz Kanigowski skarbnik nowogrodzki, Franciszek Kozicki burgrabia grodzki ciechanowski, Maciej Dęby, Aleksander Kanigowski i Bogumiła Makowiecka komornikowa ciechanowska.

Miejscowy kościół był w bardzo złym stanie „i go poprawiać nie można, gdyż cieśle sprowadzeni do reparacji godni nie chcieli się podjąć reparować, a drudzy podjąwszy się, odstąpili”. Miejscowy proboszcz zdawał sobie sprawę ze złego stanu kościoła, ale w parafii brak było „extra ordynaryjnego dobrodzieja na podźwignięcie kościoła parafialnego”.

Przy parafii łysakowskiej miejscowy proboszcz ustanowił szpital. Tak zwano ówcześnie domy opieki społecznej „Może w nim mieszkać osób ośm ubogich (...) Do którego najmniejszych nie masz fundacji, tylko jedyna litość i miłosierdzie parafianów, kiedy kto ubogiemu kawałek chleba poda”. 

Mimo biedy miejscowy proboszcz był  dobrego zdania o moralności i zachowaniu swoich parafian. W przeciwieństwie do parafii w Grudusku nie było tu obyczajowych skandali. Ksiądz zapisał „lubo nie podobna tego zapisać, żeby w tej parafii ludzie znajdowali się bez grzechów, atoli jednakowoż takowych nie masz, którzy publicznie prawa Boskie lub kościelne gwałcili i przestępowali zgorszeniem publicznym gmin i pospólstwa i chociaż czasem trafia się, że gniewy i niechęci między sąsiedztwem wzniecą, lecz potem ustają. Trafi się czasem, że niektóra osoba w materii nieczystości wykroczy, lecz z tego błocka grzechowego prędko wybrnie. Słowem mówiąc, że się takowe osoby nie znajdują, które by w jakiś złych zastarzałych nałogach trwały i zostawały”.

Przy parafiach zawsze starano się tworzyć szkoły parafialne, które oprócz katechizmu miały też uczyć dzieci: pisania, czytania i rachunków, jednak w miejscowej parafii szło to bardzo opornie. Według źródeł kościelnych z 1811 roku „proboszcz często w czasie nauk [z ambony] zachęca lud do oddawania dzieci do nauki, wbijając w nich potrzebę publicznego oświecenia, lecz to nic nie skutkuje”. W następnych latach kolator (opiekun) miejscowej parafii niejaki Karski (zapewne dziedzic Łysakowa) obiecywał zdobyć środki finansowe na szkołę, ale wobec braku odpowiedniego lokalu oraz funduszy projekt upadł. Również w następnych latach, aż do schyłku XIX wieku nie było tu szkoły.

Łysakowo na początku XIX wieku było niewielką miejscowością. W 1827 roku w tej wsi było 20 domów i 147 mieszkańców. Według opisu z końca XIX wieku były tu: kościół, karczma i wiatrak. Jak zapisano wieś „zamieszkała jest przez drobną szlachtę, ma 34 domy, 299 mieszkańców, 1 273 morgi gruntów”.

W 1921 roku notowano 44 domy i 320 mieszkańców. Była to, oprócz Gruduska, największa wieś w gminie. W Łysakowie jeszcze w latach dwudziestych istniał niewielki majątek ziemski należący do Pszczółkowskich (70 ha), jednak w późniejszych latach został on całkowicie rozparcelowany dając początek osadzie Łysakowo kolonia, widocznej na mapie z lat trzydziestych XX wieku.

            W okresie międzywojennym cieślą w tej wsi był J. Jasiński, sklep z artykułami kolonialnymi należał do Kaweckiego, był też drugi sklep W. Żebrowskiego. Murarstwem trudnił się W. Zieliński, szewcem był M. Stryjewski. Był tu również młyn Franciszka Szejkowskiego.

Zabytkiem Łysakowa jest  kościół parafialny. Parafia mogła powstać już w końcu XIV wieku. Pierwotnie była pod wezwaniem ś. Jakuba Apostoła. Pierwsze kościoły były drewniane. W 1618 roku powstał kolejny z nich, na jego miejscu w 1881 roku zbudowano obecny murowany kościół. Konsekracja nastąpiła w 1885 roku. Z zabytkowych przedmiotów należy wymienić: barokową monstrancję z XVII wieku, kielich późnorenesansowy z 1622 roku z fundacji Pawła Kargowskiego, kielich z końca XVII wieku z Gdańska, puszkę barokową z XVII wieku, świecznik z XIX wieku oraz lichtarze, jeden gotycki pochodzący z XV-XVI wieku i drugi cynowy z XIX stulecia.

Obok kościoła jest dzwonnica pochodząca z przełomu XVIII i XIX wieku, drewniana o konstrukcji słupowej, oszalowana. Dach namiotowy, kryty blachą. Na przykościelnym cmentarzu jest zabytkowy nagrobek rodziny Rapackich: Władysława (zm. 1846) i Wojciecha (zm. 1847).

Do zabytków Łysakowa należy też plebania wzniesiona w pierwszej połowie XIX wieku, przekształcona w XX wieku. Jest drewniana o konstrukcji zrębowej, parterowa, układ wnętrza dwutraktowy. Dach jest czterospadowy, kryty blachą. (zabytki wg stanu z lat ’70 XX wieku).