Nieborzyn należy do bardzo starych miejscowości został założona przez rycerzy z Wierzbowa. W 1441 roku synowie Wielisława z Wierzbowa uzyskali od księcia prawo do lokowania swoich wsi na prawie chełmińskim. Mieli od nich płacić czynsz w wysokości 3 groszy praskich. Rok później  własność Wierzbowskich została udokumentowana w Metryce Koronnej. Wśród dóbr tych rycerzy wymienia się też Nieborzyn. Z czasem zamieszkali tu jednak inni rycerze herbu Lubicz.

Nieborzyn był jedyną wsią w obecnej gminie Grudusk, która nie należała do parafii w Grudusku bądź Łysakowa w powiecie przasnyskim (w okresie I RP). Nieborzyn należał do parafii Koziczyno w powiecie ciechanowskim.

Z Nieborzyna pochodzi ród Nieborskich herbu Lubicz.  Pierwsze wzmianki o nim pochodzą z XVI wieku. W tym czasie była to jeszcze mało znana rodzina.  Według danych z 1567 roku właścicielem wsi była Anna Nieborska. Ówczesny Nieborzyn był bardzo dużą wioską, licząca ponad 10 włók obszaru (około 175 ha).

W XVII wieku rodzina Nieborskich zaczęła odgrywać coraz większe rolę na Mazowszu. Posiadali urzędy i tytuły: skarbnika zakroczymskiego, podczaszego ciechanowskiego i wiele innych. W początkach XVIII wieku byli już kasztelanami płockimi i sierpskimi. Ród się bogacił, kupował nowe majątki, lecz w międzyczasie zapewne za sprawą posagu, pozbył się rodowego gniazda Nieborzyn. Trudno nawet stwierdzić, kiedy to się stało. W zapiskach genealogicznych nie ma o tym wzmianek.

Nieborzyn był wsią chłopską (włościańską) nie było tu zaścianka szlacheckiego. Według danych z końca XVIII wieku dziedzicami wsi był możny ród Radzymińskich.

W 1827 roku w tej wsi było 9 domów i 86 mieszkańców. Do 1864 roku była to wieś dworska, następnie na mocy ukazu uwłaszczeniowego miejscowi chłopi otrzymali ziemię na własność i była to już samodzielna osada w gminie Regimin.

W 1886 roku naliczono tu 9 domów i 81 mieszkańców. Wieś liczyła 208 mórg obszaru.

W Nieborzynie w 1921 roku było 18 domów i 112 mieszkańców.